gffread 是 cufflinks 的一个子程序，一般安装 cufflinks 的同时也会被安装上。使用 “gffread -h” 来查看它的用法。这里只介绍其提取 CDS 序列的功能。

【输入文件】

【用法】

gffread $gff_file -g $genome_file -x $output

【例子】

gffread zebrafish.gff -g zebrafish_genome.fna -x zebrafish_cds.fasta